Важно е да се знае, че всяко медицинско или хирургично лечение би могло да има рискове, странични ефекти или нежелани реакции. Едно на двадесет родени деца в световен мащаб има вроден дефект. Честотата не е по-висока при ражданията след ин витро, спрямо тези след естествено зачеване. Няма причини да се смята, че медикаментите за лечение на безплодие увеличават този риск, особено ако се използват правилно.